Go-Ichijo đã có một Hoàng hậu và hai con gái

Empress (chūgū): Fujiwara no Ishi (藤原威子) (999-1036), con gái thứ ba của Fujiwara no Michinaga. Bà sinh ra: công chúa Akiko / Shoshi (章子内親王) (Nijo-In,二条院) (1026-1105), Hoàng hậu (chūgū) của Thiên hoàng Go-Reizei, công chúa Kaoruko / Keishi (馨子内親王) (1029-1093), Hoàng hậu (chūgū) của Thiên hoàng Go-Sanjō